Los proyectos de investigación están actualmente en desarrollo y se encuentran aprobados y financiados por el CONICET y/o por la ANPCYT y además en algunos casos tienen financiación internacional (National Geographcic Society). Las diferentes líneas de investigación y los participantes de cada una son los siguientes:
- Adaptación y trayectoria histórica de las poblaciones humanas durante el Pleistoceno final y Holoceno en la región pampeana. Director: G. Politis. Integrantes: M. P. Barros, P. G. Messineo, M. A. Gutiérrez, G. Martínez, M. González, J. Merlo, D. Rafuse, M. C. Álvarez, A. P. Alcaráz, C. A. Kaufmann y A. Massigoge.
- Tafonomía en la Pampa Húmeda: contribuciones para la interpretación del registro arqueológico regional. Directora: M. A. Gutiérrez. Co-director: C. A. Kaufmann. Integrantes: A. Massigoge, D. Rafuse, M. González, M. C. Álvarez, N. A. Scheifler y Juan Manuel Rodríguez.
- Investigaciones arqueológicas en el valle inferior del Río Colorado y costa norte del Río Negro, Provincia de Buenos Aires. Director: G. A. Martínez. Integrantes: L. Prates, L. Stoessel, G. Flensborg, P. Bayala, A. P. Alcaráz, N. Carden y E. Borges Vaz.
- Investigaciones arqueológicas en la costa Norpatagónica, Golfo San Matías y sector inmediatamente interior (Río Negro). Directora: F. Borella, Co-director: C. M. Favier Dubois, Integrantes: M. Cardillo, J. Alberti, F. Scartascini, E. Carranza, R. Guichón Fernandez, D. Herrera Villegas, V. Schuster, N. Carden y P. Steffan.
- Investigaciones arqueológicas en sierras y llanuras de la provincia de San Luis. Director: R. Curtoni. Integrantes: A. Oliván, M. Borgo, G. Gómez, V. Lalinde, V. Martínez, G. Heider, J. Chiesa, G. Ojeda, P. Dupuy y C. Greco.
- Investigaciones paleontológicas en el cuaternario de la región pampeana. Director: J. L. Prado. Integrantes: G. Gómez, R. Bonini, C. M. Favier Dubois, P. Steffan, R. Peretti y P. Bayala.
- Estudios interdisciplinarios de patrimonio. Directora: M. L. Endere. Integrantes: M. G. Chaparro, M. E. Conforti, C. Mariano, M. Mariano, M. V. Giacomasso, G. Lemiez y R. Lencina.
- Bioarqueología en grupos cazadores-recolectores de las regiones Pampeana y Patagónica. Director: G. A. Flensborg. Integrantes: J.A. Suby, M. González, R. Guichón Fernández y C. Pandiani.
- Investigaciones arqueológicas en el centro-oeste de los pastizales pampeanos (provincia de Buenos Aires). Director: P. G. Messineo. Integrantes: M. P. Barros, N. A. Scheifler, M. F. Santos, N. Pal, A. Tripaldi y I. Ozán.
- LAPREI. Director: Gustavo Politis. Integrantes: P. Vitale, M. Bax y A. Flores.
Áreas donde se encuentran investigando las líneas de investigación en arqueología del INCUAPA 1.- Área Interserrana, 2.- Noroeste de Tandilia, 3. Curso Inferior del Río Colorado, 4. Área Salado-Chadileuvú, 5. Valles Transversales, 6 y 7 Costa Norpatagónica del Golfo de San Matías y Meseta adyacente, 8. Centro-norte de San Luis, 9.- Campo de Dunas del Oeste, 10.- Delta Superior del Río Paraná.