Los proyectos de investigación están actualmente en desarrollo  y se encuentran aprobados y financiados por el CONICET y/o por la ANPCYT y además en algunos casos tienen financiación internacional (National Geographcic Society). Las diferentes líneas de investigación y los participantes de cada una son los siguientes:

• Adaptación humana y trayectoria histórica de las poblaciones humanas durante el Pleistoceno final y Holoceno en el centro–este argentino. Director: G. Politis. Integrantes: M. P. Barros, P. G. Messineo, J. F. Merlo, M. del C. Langiano, N. Scheifler, A. Massigoge, D. J. Rafuse, V. Di Prado, M. F. Santos Valero, N. Marini y M. Ríos Malán.

• Tafonomía y procesos de formación de sitios en el área Interserrana Bonaerense. Directora: M. A. Gutiérrez. Co-director: Kaufmann. Integrantes: A. Massigoge, D. Rafuse, M. E. González, M. C. Álvarez, N. Scheifler , J. M. Rodriguez y M. Recofsky.

• Investigaciones arqueológicas en el valle inferior del Río Colorado, Provincia de Buenos Aires. Director: G. Martínez. Integrantes: L. Stoessel, G. Flensborg, P. Bayala, A. P. Alcaráz, N. Carden y E. Borges Vaz.

• Investigaciones arqueológicas en la costa Norpatagónica, Golfo San Matías (Río Negro). Directora: F. Borella, Co-director: C. M. Favier Dubois, Integrantes: D. V. Herrera Villegas, N. Carden,  P. Steffan y R. Guichón Fernández.

• Investigaciones arqueológicas en sierras y llanuras de la provincia de San Luis. Director: R. Curtoni. Integrantes: A. Oliván, M. Borgo, G. Gómez, V. Lalinde, V. Martínez, D. Storchi Lobos y G. Heider.

• Arqueología, Patrimonio y Sociedad. Directora: M. L. Endere. Integrantes: M. G. Chaparro, M. E. Conforti, C. Mariano, M. Mariano, M. Giacomasso, G. Lemiez, R. Lencina , M Baier y N. Cantar.

• Paleobiología del Cuaternario Pampeano: Director: J. Prado. Integrantes: R. Bonini, G. Gómez , P. Steffan y J. Bellinzoni.

• Bioarqueología en grupos cazadores-recolectores de las regiones Pampeana y Patagónica. Director: G. A. Flensborg. Integrantes: J.A. Suby, M. E. González, R. Guichón y C. Padiani.

• Investigaciones arqueológicas en el centro-oeste de los pastizales pampeanos (provincia de Buenos Aires). Director: P. G. Messineo. Integrantes: M. P. Barros, N. A. Scheifler, M. F. Santos y N. Pal.

• LAPREI. Director: Gustavo Politis. Integrantes: P. Vitale, M. Bax y A. Flores.

Áreas donde se encuentran investigando las líneas de investigación  en arqueología del INCUAPA 1.- Área Interserrana,  2.- Noroeste de Tandilia, 3. Curso Inferior del Río Colorado, 4. Área Salado-Chadileuvú,  5. Valles Transversales, 6 y 7  Costa Norpatagónica del Golfo de San Matías y Meseta adyacente, 8. Centro-norte de San Luis, 9.-  Campo de Dunas del Oeste, 10.-  Delta Superior del Río Paraná.